Haapsalu C.Kreegi nim. Muusikakooli ajalugu algab 1954. aastast, kui alustas tööd Haapsalu Laste Muusikakool.

Kooli esimene direktor aastatel 1954-1981 oli Aade Nurme.

1981-1990 oli direktoriks  Peeter Saar.

Aastatel 1990-2017 oli direktoriks Andres Kase.
Alates 2017.a. on meie kooli direktoriks trompetist Jaak Vasar.
1988.- 1994.a. töötati majas Lossiplats 6.
1994.a. alates asub kool oma praegustes ruumides Kastani 7.

Helilooja Cyrillus Kreek (03.12.1889 – 26. 03.1962) oli pedagoogitöö kaudu Haapsaluga tihedalt seotud. Aastatel 1921–1932 töötas Cyrillus Kreek muusikaõpetajana Läänemaa Õpetajate Seminaris Haapsalus ning aastatel 1954 – 1956 oli Cyrillus Kreek seotud ka Haapsalu Laste-Muusikakooliga, õpetades lastele muusikalist kirjaoskust.
Traditsiooniks on saanud Haapsalu  keelpillimängijate suvekursused.

Kool alustas Haapsalu Rajooni Kultuurimajaga ühistes ruumides Lossiplats 1.

Kooli algusaegadel on koolis õpetajana töötanud Heljo Talmet, Alice Kansa, Mall Padil, Päivi Tõldsepp (klaver), Voldemar Rõõmus (akordion), Erich Meister, Pärt Ellerhein (puhkpill), Cyrillus Kreek (teoreetilised ained), Magda Pirker (üldklaver).

Cyrillus Kreegi mälestuse väärikaks jäädvustamiseks taotlesid Haapsalu Muusikakooli õpetajad kooli ümbernimetamist  C. Kreegi nimeliseks Haapsalu Muusikakooliks. Haapsalu Linnavalitsus ja volikogu kiitsid soovi heaks. Alates 2014 aastast kannab kool uut nime.

Meie kooli tuntumad vilistlased on Neeme Birk (trompet), Katri Rebane (Hallik), Katrin Lehismets (klaver, laul), Taavi Kuntu (trompet), Jaak Vasar (trompet), Madis Kari (klarnet).

Meie koolis tegutsevad kitarriorkester, lauluansambel, kammerorkester ja rahvapilliorkester.